Trước khi Bộ Giao thông được thành lập, Thứ trưởng Thương mại đặc trách Giao thông là người điều hành các chức năng có liên quan đến Bộ Giao thông hiện thời. Năm 1965, Najeeb Halaby, trưởng Cơ quan Quản trị Hàng không Liên bang (Federal Aviation Agency) đề nghị với Tổng thống Lyndon Baines Johnson là nên nâng cấp cơ quan giao thông lên cấp bậc nội các và đặt Cơ quan Quản trị Hàng không Liên bang dưới quyền quản trị của Bộ Giao thông.